Святые мощи свт. Николая Чудотворца, как известно, были вывезены в 1087 из Византии на Запад, уже после разделения Церквей, когда бывший византийский город Бари находился под властью норманнов и омофором римских пап. Русское народное благочестие по-своему осмыслило это перенесение: в древней, киевской, редакции жития свт. Николая и в последующей агиографии сообщалось, что «Барград» в то время оставался византийско-православным, им правил «василевск» и сами горожане были по происхождению греками. Но — главное — перенесение святых мощей было делом промыслительным из-за мусульманской угрозы Мирам Ликийским, городу в Малой Азии, где они пребывали со дня их обретения. День прибытия мощей до сих пор отмечается в Бари крестным ходом из порта до базилики, при этом местные рыбаки и моряки тянут по улицам макет старинного корабля с чтимым образом святителя.

Уже первые русские путешественники на Запад считали своим непременным долгом поклониться в Бари мощам свт. Николая. Послы, прибывшие из Москвы на Флорентийский Собор (1439), кратко упомянули о святыне, хотя мощам они поклонялись не в Бари, а в Венеции, где до сих пор находится их часть. Гр. Б. П. Шереметев, посетив в 1698 Бари, первым из русских описал местную базилику и некоторые обычаи в ней, например, как из гробницы святителя извлекается чудотворное миро (или «манна»). В том же году в Бар (как в России тогда называли город) прибыл гр. П. А. Толстой, который более подробно рассказал о храме, где «лежат мощи великого архиерея Христова Николы». Известно, что паломником в городе побывал и царевич Алексей, сын Петра Великого.

Позднее Бари тоже навещали царственные паломники: в 1852 вел. кн. Константин Николаевич, подаривший бриллиантовый перстень местному архиепископу; 29 октября 1892 мощам своего небесного покровителя поклонялся цесаревич Николай Александрович (будущий император Николай II), возвращавшийся из Греции в Россию.

Русских пилигримов всегда очень печалило, что у гробницы великого святого не совершаются православные богослужения, в связи с чем неоднократно выражалось пожелание иметь в Бари русскую церковь и странноприимный дом.

После того как не удались упорные попытки российского правительства восстановить храм свт. Николая в Мирах Ликийских (ныне турецкий город Демре), руины которого были в 1853 куплены русским послом, Императорское Православное Палестинское общество, ведавшее паломничеством в Святую Землю, учредило в 1911 Барградский комитет. Высочайшим покровителем стал император Николай II. Он внес 10 тыс. руб. из личных средств в кассу комитета, который поставил цель — выстроить в Бари подворье Палестинского общества с церковью, достойно представляющей русское православное искусство. Средства собирала вся Россия: по Высочайшему повелению дважды в год, на Николу-вешнего и Николу-зимнего, во всех церквях страны устраивался тарелочный сбор на Барград. Кроме того, комитету передали 246,5 тыс. руб., собранные ранее на Миры Ликийские. 3 тыс. руб. пожертвовала св. вел. кн. Елизавета Феодоровна, председательница Палестинского общества.

Барградский комитет в начале 1911 послал в Бари известного московского миссионера прот. Иоанна Восторгова, который 20 января купил у г-жи Скорча для подворья участок земли площадью 1,2 гектара. Весной того же года в город прибыли деятельный член комитета кн. Н. Д. Жевахов и архитектор В. А. Покровский, который провел экспертизу участка. Составить проект поручили, однако, не ему, а молодому А. В. Щусеву, вероятно, по протекции вел. кн. Елизаветы Феодоровны, для которой этот архитектор только что закончил в Москве постройку Марфо-Мариинской обители. Комитет задумал также создать при подворье Музей русской старины с иконами, фресками в стиле Дионисия, редкими изданиями и фотографиями всех Никольских церквей в России. К сожалению, этому плану не суждено было сбыться.

Весной 1912 Щусев закончил общий проект ансамбля, избрав для него псковско-новгородский стиль начала XV века. 30 мая того же года проект был одобрен императором. При одноглавом храме на 200 человек с отдельной двухъярусной звонницей (не построена) было предусмотрено выстроить трехэтажный странноприимный дом и разбить сад «с русскими растениями». На возведение комплекса по смете назначалось 414 тыс. руб. В марте 1913 в Бари приехала строительная комиссия, в которую вошли: настоятель будущей церкви прот. Николай Федотов, служивший ранее в Эривани, архитектор В. А. Субботин и смотритель работ И. Д. Никольский. Возглавил комиссию священник римской посольской церкви о. Христофор Флеров, постоянно живший в Италии. Юридически Барградский храм подчинили Санкт-Петербургской епархии.

9 мая 1913, в день перенесения святых мощей в Барград, состоялась — при участии местных властей — торжественная закладка подворья. Николай II и вел. кн. Елизавета Федоровна прислали в этот же день поздравительные телеграммы. Строительные работы были доверены местному инженеру Н. Рикко, и шли они очень быстро. Уже 24 декабря 1913 на участке была освящена временная деревянная церковь, а к марту 1914 подворье подвели под крышу. Той же весной прот. Николай уехал в Россию и его место занял новый настоятель о. Василий Кулаков.

В июне–июле 1914 Бари посетил вел. кн. Олег Константинович, который, глубоко вникнув в дело, по возвращении в Россию предложил Палестинскому обществу внести некоторые поправки в утвержденный проект. Тем же летом подворье открыло временный приют для паломников, вмещавший 20–30 человек. Однако действовать ему пришлось считанные дни. В августе 1914 странноприимницу пришлось превратить в беженский пункт: около 200 русских путешественников не смогли вернуться домой из Италии через Германию и здесь ждали отправки в Россию морем. Освятить, как предполагалось, храм к зимнему Николе не удалось.

Несмотря на войну, строительные работы продолжались и к январю 1915 были вчерне завершены, хотя нижняя, «зимняя» церковь свт. Спиридона Тримифунтского, особенно чтимого местными православными греками, была освящена только 25 июля 1921 года. В ней находится икона свт. Николая с частицей его мощей и большая модель подворья. Деревянную церковь при этом разобрали.

Когда 24 мая 1915 (сразу после Николы-вешнего, что в России было воспринято провиденциально), Италия объявила себя союзницей русских «против жестоких и коварных угнетателей народов — немцев и швабов», Барградский комитет на время передал подворье итальянскому Красному кресту. К этому моменту председатель Комитета кн. А. А. Ширинский-Шихматов уже приготовил для храма старинные иконы и стилизованное убранство, однако начавшаяся революция помешала доставить их из России. Не смог выехать в Бари и художник К. С. Петров-Водкин, который должен был расписать новый храм. В Москве остался каркас иконостаса, сделанный фирмой Хлебникова.

Революция и Гражданская война поставили подворье в тяжелые условия — русской общины в Бари не существовало, из-за военных действий паломники из России не приезжали. В 1920 умер о. Василий Кулаков. В 1926 права на подворье предъявило Палестинское общество с центром в Ленинграде, выдававшее себя за правопреемника Императорского общества. Хотя советское посольство в Риме удостоверило тождественность общества, заведующий подворьем кн. Н. Д. Жевахов, бывший помощник обер-прокурора Синода, который с 1922 жил в Бари, с этим не согласился и выиграл в городском суде тяжбу о праве на управление подворьем в юрисдикции РПЦЗ.

Советская сторона подала апелляцию в Королевский суд в Риме, который неожиданно встал на ее сторону и предписал Жевахову вернуть подворье советскому Палестинскому обществу. На это решение, возможно, повлияло временное улучшение отношений между двумя странами. Запутанным положением воспользовался муниципалитет Бари, объявивший секвестр на постройку; кн. Жевахову при этом выплатили отступное. Городские власти пообещали содержать на свой счет православного священника, что делают до сих пор. Церковь передали в безвозмездное пользование православной общине, в странноприимном доме устроили детский сад и богадельню. В 1975 в этом доме случился пожар, и лишь в 1988–1998 его сумели восстановить.

В силу исторических причин внутренняя отделка верхней церкви долго оставалась незавершенной. Только в начале 1950-х парижские художники А. А. Бенуа и его жена М. А. Бенуа-Новинская написали образа для одноярусного иконостаса, после чего 21 мая 1955, накануне престольного праздника, Никольская церковь была, наконец, освящена епископом Мессинским Сильвестром (Харунсом), но ее стены по-прежнему оставались не расписанными. В 1967 на уличной стене храма укреплена мозаичная икона святителя, созданная местным художником Никколо Колонна.

После Второй мировой войны маленькую общину, в которую вошли и местные греки, начали сотрясать внутренние конфликты, несмотря на усилия монахини Николаи (Зайцевой), заведующей подворьем, которую направили в Бари еще оптинские старцы. Служивший в Бари с 1939 о. Андрей Копецкий в 1947 перешел из РПЦЗ под омофор Вселенской Патриархии. После его смерти в 1963 епархиальное управление в Париже не смогло найти замену, и община вернулась в РПЦЗ. С того времени ее окормляли: прот. Игорь Значковский, бывший белый офицер, который много сделал для приведения храма в порядок (построил в саду дом для священника и в 1971 часовенку в честь Царя-Мученика), о. Леонид Никольский (1980–1983), итальянец иером. Марк (Давитти) (1983–1995).

В 1977 приход был упразднен, и храм подчинен непосредственно Синоду РПЦЗ. В 1980-е число прихожан сократилось до 5 человек. В ноябре 1998 Московская Патриархия заключила с муниципалитетом соглашение, согласно которому ей, в качестве патриаршего подворья, передавали отремонтированный верхний храм и один этаж странноприимного дома. В том же году названный храм украсило большое паникадило, сделанное в Сербии на средства русских паломников. В конце 1999 Патриархия командировала в Бари о. Владимира Кучумова, который восстановил постоянные богослужения. Нижняя церковь осталась у РПЦЗ, где служил о. Андрей Труфанов, выходец из России, скоропостижно умерший.

В 2011 настоятелем подворья был назначен о. Андрей Бойцов.

В 2006-2012 в итоге поездок в Бари президентов России В. Путина и М. Медведева и соответствующих соглашений между правительствами Италии и России, а также решений муниципалитета г. Бари подворье было поэтапно возвращено России как ее государственная собственность.

Адрес: Corso Benedetto Croce, 130, I-70125 Bari