Восточное предместье польской столицы — Прага лежит на правом берегу Вислы, напротив центра города. Оно впервые упоминается в XV веке и долго оставалось отдельным городом, лишь в 1791 присоединенным к Варшаве. Четырьмя годами позже Прагу штурмом взяли войска А. В. Суворова, положив тем самым конец восстанию Т. Костюшко и попытке восстановить независимость Польши, которая после наполеоновских войск окончательно была разделена между Россией, Австрией и Германией. Варшава отошла к России и стала центром ее польских владений.

Со второй половины позапрошлого века, после проведения железных дорог, Прага превратилась в важный железнодорожный узел и промышленный район. Так как она сделалась местом сосредоточения русского населения в Варшаве, то вскоре выяснилось, что православного храма здесь явно не хватает.

После польского восстания 1863 года последовал Высочайший указ о выделении ежегодно 25 тыс. руб. на постройку православных церквей в Западном крае. Этим решил воспользоваться архиепископ Варшавский и Новогеоргиевский Иоанникий (Горский), задумавший «снять нравственное принижение с православного духовенства» и выстроить в Варшаве вместительную церковь. Летом 1866 был образован строительный комитет во главе с генерал-лейтенантом Г. П. Рожковым, бывшим гражданским губернатором Варшавы.

Для составления проекта из столицы был приглашен архитектор Синода Н. А. Сычев. Смета, первоначально им намеченная, исправлялась четыре раза и в конце концов достигла суммы в 162 тыс. руб. Место для храма Сычев выбрал в центре Праги, на углу Александровской и Торговой улиц, неподалеку от Петербургского вокзала, так что приезжавшие с востока могли сразу видеть, что Польша — часть Российской империи.

Зодчий предложил выстроить церковь одноглавой, но в Петербурге сочли, что она «не удовлетворяет необходимому благолепию», и велели переработать проект «по образцу киевских церквей». В новом проекте Сычев сделал церковь пятиглавой, однако отказался от возведения колокольни. Стиль он избрал «русско-византийский», который был официальным в тогдашнем церковном зодчестве.

Возведение храма началось весной 1867 под руководством инженер-капитана Д. П. Палицына, который специально был командирован в Мюнхен для знакомства с новейшими строительными приемами. Закладку церкви произвел 14 июня 1867 Владыка Иоанникий. Возводили здание только русские каменщики. Цоколь был сделан из шидловецкого песчаника, ступени — из серого силезского гранита. Отопление предусматривалось по системе инж. Флавицкого посредством калориферов.

К декабрю 1868 церковь, вмещающая 800 человек, была готова, но неожиданно возникло затруднение — строительный комитет задумал осветить храм газом, что, по мнению архиерея, противоречило «обычаю и уставу Православной Церкви». Пришлось срочно заменять светильники, и газовые фонари остались только снаружи.

Убранство церкви приготовлялось в России и Германии. Хоругви и плащаница были исполнены в Москве и пожертвованы помещиком А. П. Федоренко; канделябры и золоченое бронзовое паникадило «о 78 огнях» — в Берлине, бронзированные стальные колокола (самый большой весил почти 1900 кг) отлиты в Бохуме. Серебряную утварь поставил известный ювелир И. П. Сазиков.

Над росписью трудились два академика — Р. Ф. Виноградов, который написал 12 священных изображений снаружи (сохранились на северном фасаде), и В. В. Васильев, исполнивший «Тайную вечерю» на Горнем месте. Интерьер был расписан ими совместно. Васильев был также автором образов в трехъярусном золоченом иконостасе стоившем 6000 руб. Его вырезал в Петербурге мастер Серебряков. Два образа «Три Святителя» и «Св. Григорий Двоеслов» написал акад. К. И. Корсалин. И в росписях, и в иконах есть изображения южнорусских святых и небесных покровителей Царствующего Дома.

29 июня 1869 архиепископ Иоанникий освятил новый храм, в сооружении которого были «заинтересованы одинаково и православное население Варшавы, и вся Православная Россия». К этому дню Императрица Мария Александровна подарила образ св. Марии Магдалины, торжественно встреченный православными жителями предместья. Члены строительного комитета получили награды «за отличную и безвозмездную службу». В следующем году в новом храме побывал Император Александр II.

Собор св. Марии Магдалины, «что на Праге», напоминает постройки К. А. Тона. Фасады завершены закомарами, углы декорированы полуколоннами, по основанию барабанов идет пояс из кокошников, стены прорезаны сдвоенными «венецианскими» окнами. Внутреннее пространство довольно обширно, хотя оно разделено четырьмя опорными пилонами. В 1871–1872, к северу от храма, был для причта выстроен двухэтажный дом.

Число православных в предместье росло, и церковь требовала расширения. В 25-ю годовщину ее существования епископ Люблинский Гедеон освятил северный придел, где поставили иконостас из церкви 1-й мужской гимназии в Варшаве. Летом 1894 был проведен ремонт, за которым наблюдал епархиальный архитектор В. Н. Покровский, после чего 8 сентября 1895 архиепископ Варшавский Флавиан освятил обновленный храм малым чином.

В 1869 чины местного гарнизона и жандармского управления пожертвовали в храм две большие иконы: Вознесения Господня и св. Александра Невского в память о спасении Императора Александра II от двукратного покушения на его жизнь. Они сохранились и являются украшением собора.

С 1890 до 1915 в храме находился чтимый образ Почаевской Божией Матери — дар архим. Макария, известного афонского подвижника. При эвакуации в Первую мировую войну он был утрачен и теперь у правого клироса находится его список. Святыня храма — частица мощей св. Марии Магдалины, которую подарил прот. Антоний Девятовский.

До Первой мировой войны церковь в Праге была приходской. Кроме местных жителей в ней молились солдаты из губернского батальона и форта Сливицкого, чины полиции, служащие железной дороги. При церкви действовало попечительство, церковно-приходская школа и приют; приписаны были часовня и два молитвенных дома.

В 1916 церковь получила статус митрополичьего собора, поскольку кафедральный Свято-Троицкий собор поляки забрали под костел, а величественный Александро-Невский немцы приспособили под кирху. В 1928 в подвальном этаже была освящена пещерная церковь с редким для Православия названием во имя Страстей Господних.

Во Вторую мировую войну собор пострадал не столь сильно, как другие варшавские церкви, хотя почти полностью погибла наружная роспись и снаряд повредил придел прп. Иова Почаевского. Несколько раз (в 1945, 1952–1953 и особенно в 1968–1970) в здании проводились ремонтно-реставрационные работы.

В обычные дни служба совершается в нижнем храме. В верхнем, по воскресеньям и праздникам, служит митрополит Варшавский, предстоятель Польской Православной Церкви, резиденция и канцелярия которого располагаются в бывшем причтовом доме. Прибывающие поездом из России могут с Восточного вокзала легко дойти до храма, который является историко-архитектурным памятником.

Адрес: Al. Solidarności, 52