Церковь, построенная в 1908 на Пристани (район Харбина), стала первым храмом-памятником в честь событий Ихэтуаньского («Боксерского») восстания 1899–1901 и Русско-японской войны 1904–1905. Инициатива возведения церкви принадлежит начальнику Особого Заамурского округа Пограничной стражи Н. М. Чичагову, а построена она была на средства чинов Пограничной стражи этого округа, чьим храмом и являлась.

Автором проекта предположительно является архитектор К. Х. Денисов. Общая композиция здания близка к русскому стилю, но взятая за исходный образец схема пятиглавого московского храма усложняется и интерпретируется по-новому. На западном фасаде церкви над притвором вместо колокольни высится звонница, напоминающая типичный прием новгородско-псковской школы. Укрупненность и чистота простых, ясно читаемых форм, многократно повторяющиеся крупные детали, цветовой контраст немногочисленных белокаменных деталей и краснокирпичных фасадных плоскостей создает декоративизм здания в целом, что свойственно неорусскому стилю. Четвериковый двусветный объем храма, его отдельных частей и даже деталей характеризует ступенчатость объемов, последовательное облегчение кверху. Изразцовый фриз, живописные панно в нишах звонницы, мозаика в отделке интерьера отвечают новой концепции «национального романтизма».

На первый взгляд, строгая симметричность, уравновешенность сооружения, подчеркнутая «стилобатной» частью не является характерной чертой для национально-романтической темы, под влиянием которой явно находился автор. Но статус Пантеона воинской славы обусловил выбор композиции, наиболее полно выявляющей мемориальную функцию церкви-монумента. Это не исключение, а скорее правило для храмов с мемориально-поминальной функцией.

Кроме главного алтаря, в храме было два придела: правый в честь преподобного Серафима Саровского и левый в честь св. Николая Мирликийского. Иконостас был выполнен из темного дуба, украшенный искусной резьбой. В церкви под руководством художника В. А. Михайлова была создана роспись, далекая от традиционной иконографии. Ее особенность заключается в том, что вместо канонических сюжетов из священной истории и жизни Христа разрабатываются сюжеты из русской воинский истории. По воспоминаниям епископа Нестора (Анисимов) интерьер церкви отличался «строгой иконописью в стиле Васнецова и Нестерова».

Кроме росписей, подчеркнуто мемориальный облик интерьеру храма-памятника придавали иконы, переданные из действующих русских полков, сражавшихся ранее в Манчжурии, и мемориальные мраморные плиты, закрепленные на колоннах и по верху западной и северной стен, с именами русских воинов, погибших на Дальнем Востоке. После Крымской войны этот способ увековечивания исторических событий укоренился в практике строительства русских храмов-памятников. Позднее в Иверской церкви продолжали вписывать уже по арочным сводам имена павших в Первую мировую и Гражданскую войнах.

Храм, где традиция увековечивания событий и людей с помощью росписей на сюжеты из христианской истории вытесняется батально-патриотическими полотнами и мемориальными досками, – своеобразными документами, превращается в памятник русской истории и культуры.

Церковь располагалась на Офицерской улице – месте, где размещалось большинство харбинских госпиталей. Под ее сенью был организован Серафимовский приют для мальчиков-сирот, Серафимовская столовая. В 1939 был создан Серафимовский кружок, члены которого изыскивали средства для содержания этих благотворительных предприятий. Несколько позже основан Серафимовский приют для престарелых. В конце 1930-х, был основан приют для маленьких детей «Ясли», здание которого располагалось непосредственно в саду храма (гражданский инженер Е. А. Уласовец).

С началом Гражданской войны в России храм стал олицетворением идеи единства духовности и созидательности.

После смерти последнего настоятеля церкви о. Валентина Барышникова в 1964, она была закрыта. Здание, использовавшееся местным населением под пошивочную мастерскую, потом под продуктовый склад, сохранилось по сей день, но с большими утратами.

Среди бывших русских харбинцев, рассеявшихся по всему свету, зародилась идея восстановления храма, вдохновителем и движителем этой идеи стал известный общественный деятель Н. Н. Заика.