После окончания Второй мировой войны Зальбург стал для беженцев из России центром православной жизни в Австрии, так как оккупированная Вена оказалась разделенным окупацией городом, и Никольский собор в нем находился на территории советского посольства.

С 1946 епископом Венским и Австрийским был Стефан (Севбо) (1872–1965), родом белорус, которому в силу политических причин пришлось переехать в Зальцбург, в западную зону оккупации. Он окормлял около 100 тысяч «перемещенных лиц» из СССР («Ди-Пи» по-английски), очутившихся после войны в местных лагерях, где они создали 33 православные общины. Подавляющее большинство «Ди-Пи» (90%) выехали к 1953 за океан, откуда, однако, охотно присылали Владыке свои пожертвования, помня о его самоотверженном архипастырском труде.

Недалеко от Зальцбурга находился большой лагерь Парш, где после войны действовали три походных православных церкви. Владыка Стефан поселился среди его обездоленных обитателей и одну из барачных церквей обратил в свой «кафедральный собор». После того как в 1950 собор сожгли советские смершевцы, новое здание выстроили в другой части лагеря. Владыка сам сделал для него иконостас. Он был добрым и сердечным человеком, любил подолгу беседовать на скамеечке с беженцами, выслушивал их рассказы и вникал в повседневные проблемы. Так как он не говорил по-немецки, переводчицей служила А. А. Гунбина, бывшая «смолянка», много сделавшая для лагерного прихода.

В самом Зальцбурге для беженцев местом молитвы в 1948–1959 служил один из приделов местной католической церкви на Резиденцплатц, освященный во имя Архангела Михаила. Иконы для временного иконостаса написали барон Н. Б. Мейендорф и Иван Дикий. Оба они ранее работали художниками в Югославии. Служили в этой церкви о. Сергий Матвеев, затем прот. Иоанн Сиротенко.

Когда в 1956 католики отказали русским в храме, Владыка устроил на первом этаже в бывшем замке баронов Тинен-Адлерфлихт домовую Покровскую церковь. Она вмещала всего 20 человек, отчего нынешним молящимся приходилось стоять в коридоре. Беженцы также молились в Никольской церкви в беженской богадельне, которая действовала три десятилетия, а начиная с 1962 — в католической церкви св. Иеронима на Мюльнер Гауптштрасе, 6.

29 мая 1959 для постройки храма был за 49 тыс. марок куплен участок, расположенный вблизи р. Зальц, в квартале Леэн. По проекту архитектора Евгения Салпиуса, эмигранта из Прибалтики, началось строительство, которое шло не спеша, и очень экономно. Несмотря на свой почтенный возраст, Владыка сам отправился в США для сбора пожертвований. Освятили новый собор 26 июня 1964 престарелый архиепископ Стефан и архиепископ Берлинский и Германский Александр (Ловчий). На освящении присутствовали главы местных католических и протестантских епархий.

Здание белого цвета выдержано в необычном для русского зодчества конструктивистском стиле и возведено из бетона. Гладкие стены прорезаны узкими полукруглыми окнами. Над заглубленным порталом размещена небольшая звонница. В подвальном этаже находится зал для приходских собраний. В 1977 к правой части храма сделана одноэтажная пристройка для квартиры тогдашнего настоятеля — прот. Василия Иванова.

Фронтон современного собора украшает образ Владимирской Божией Матери, исполненный в мозаике долголетним старостой бароном Н. Б. Мейендорфом и его дочерью Е. Н. Мейендорф, регентом церкви. В 1970 временный иконостас, взятый из придела вышеупомянутой Михайловской церкви, заменили постоянным двухъярусным, который был вырезан в столярной мастерской Э. Тойфла по эскизу А. М. Богалица. Несколько икон в храме и приходском зале написал вышеупомянутый Мейендорф, храмовая икона Покрова происходит из лагерной церкви, «Владимирская Божия Матерь» и «Христос Вседержитель» — из домовой церкви Владыки Стефана.

При храме после войны действовал Союз православных Австрии, который имел юридическое право представлять перед властями всех православных русских беженцев. После смерти архиепископа Стефана (он погребен на городском кладбище) епархией руководил архиепископ Женевский и Западноевропейский Антоний (Бартошевич). С его кончиной в 1993 храм потерял титул собора, а Австрийская епархия стала Австрийским благочинием Германской епархии.

Когда в 1985 умер престарелый прот. Василий Иванов, в Австрии у Русской Православной Церкви за границей остались всего два священника, а после смерти в 1992 прот. Георгия Сидоренко храм в Зальцбурге лишили постоянного настоятеля. Только в 1994 назначение в него получил прот. Василий Фонченков, бывший доцент Московской Духовной академии. Сейчас настоятелем является о. Сергий Киселев. Причт собора постоянно служит панихиды на двух русских кладбищах. Под Лиенцем находится самое известное в Австрии русское кладбище — Пеггец, где погребены жертвы выдачи в 1945 Красной армии советских военнопленных и казаков. На этом небольшом кладбище в 1951 был освящен памятник — обелиск с крестом.

Ежегодно, 1 июня, в печальную годовщину выдачи, в Лиенце, в церкви ап. Андрея служится заупокойная литургия, а на кладбище — панихида, на которую приезжают многие русские из соседних стран. Происшедшая в Лиенце трагедия обстоятельно описана в книге «Жертвы Ялты» Н. Д. Толстого.

Недалеко от Зальцбурга, в лесу под Гредигом, расположено кладбище русских военнопленных обеих мировых войн. На нем с 1964 стоит высокий камень с крестом и надписью «Потерявшие родину русские — своим воинам». В Фомино воскресенье причтом Покровского собора на нем служится панихида.

В 1990-е приход в Зальцбурге увеличился за счет новых эмигрантов из бывшего СССР, что несколько оживило церковную жизнь, хотя приход по-прежнему остается небольшим.

Адрес: Christian Doppler-Str. 3, A-5020 Salzburg