Приход Свято-Николаевской церкви был основан в 1923. Первое время она находилась во временном помещении на левом берегу реки Сунгари, в одном из районов Харбина – Затоне. В 1925 при помощи займа протоиерей о. Михаил Рогожин купил два дома. В один из них была перенесена временная церковь, в другом открыли школы: начальное и высшее начальное училища, где учредителем, заведующим и учителем был сам о. М. Рогожин. В 1924 приступили к постройке нового кирпичного здания, которое завершили и освятили в 1928.

Внешний облик церкви был довольно традиционен, хотя и не лишен переосмысления некоторых канонических принципов древнерусского зодчества: слияние пространства трапезной с храмом, своеобразно решенный верхний четверик колокольни.

Она имела высокохудожественный иконостас (20 икон) и настенные росписи, исполненные известным в Харбине художником-иконописцем Н. С. Задорожным в духе нового времени. Настенные росписи ему помогал делать брат П. С. Задорожный (композиция "Тайная Вечеря"). В периодических изданиях Харбина (например, «Рубеже») в связи с иконостасом и росписями данной церкви отмечалось появление нового художественного течения в религиозной живописи Харбина. Николая Задорожного признали последовательным продолжателем школы В. М. Васнецова и М. В. Нестерова, которые, как и Н. К. Рерих, связали свое творчество с возрождением церковного искусства.

Заботами о. М. Рогожина с 1925 при школе были устроены общественная библиотека, бесплатная амбулатория и детская площадка. Церковь была закрыта в 1955. Иконостас был вывезен о. Н. Стариковым при разъезде русских из Китая в Австралию и украшают ныне храм св. Георгия в Сиднее.